資源|七大模式生物數(shù)據(jù)庫
日期:2019-08-29 10:37:28
模式生物指的是可用于研究與揭示生命體某種具有普遍規(guī)律的生物現(xiàn)象的一類生物。選定為模式生物的物種一般有3大特點(diǎn)。一是有利于回答研究者關(guān)注的問題,生理特征能夠代表生物界的某一大類群;二是世代短、子代多、易于在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)飼養(yǎng)繁殖、遺傳背景清楚;三是容易進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作,特別是遺傳操作以及表型分析。
基于此,模式生物學(xué)也應(yīng)運(yùn)而生,該學(xué)科就是利用模式生物來研究生物學(xué)問題的學(xué)科,由于生物進(jìn)化的保守性,從一種實(shí)驗(yàn)生物得到的有關(guān)基因性質(zhì)或功能方面的信息往往也適用于其他生物。因此研究人員可以利用一些技術(shù)上更容易操作的生物來研究高等生物的生物學(xué)問題。 本文中,我們整理了目前認(rèn)可度比較高的模式生物常用數(shù)據(jù)庫,希望能給您在模式生物選定中提供便利。
小鼠,亦稱小白鼠,是由小家鼠演變而來,屬于脊椎動(dòng)物門、哺乳綱、嚙齒目、鼠科動(dòng)物。小鼠具有體小、飼養(yǎng)管理方便、易于控制和繁殖快等特點(diǎn)。一般出生后3周即可斷乳。它廣泛分布于世界各地,經(jīng)過長期人工飼養(yǎng)選擇培育,目前已擁有大量的具有不同特點(diǎn)的近交系、突變系和封閉群,并已形成多種國際公認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)品系,被廣泛應(yīng)用于各種營養(yǎng)學(xué)實(shí)驗(yàn)研究中。
果蠅廣泛地存在于全球溫帶及熱帶氣候區(qū),由于其主食為酵母菌,且腐爛的水果易滋生酵母菌,因此在人類的棲息地內(nèi)如果園,菜市場等地區(qū)內(nèi)皆可見其蹤跡。果蠅屬于果蠅科果蠅屬昆蟲。除南北極外,目前已被發(fā)現(xiàn)了的果蠅約1,000種。大部分的物種以腐爛的水果或植物體為食,少部分則只取用真菌,樹液或花粉為其食物。 果蠅被廣泛用作遺傳和演化的室內(nèi)外研究材料,尤其是黑腹果蠅易于培育。黑腹果蠅也稱黑尾果蠅(學(xué)名:Drosophila melanogaster),是被人類研究得最徹底的生物之一,為模式生物。其名字源于它喜好腐爛的水果以及發(fā)酵的果汁。 黑腹果蠅在1830年首次被描述。而它第一次被用作試驗(yàn)研究對象則要到 1901年,試驗(yàn)者是動(dòng)物學(xué)家和遺傳學(xué)家威廉·恩斯特·卡斯特。他通過對果蠅的種系研究,設(shè)法了解多代近親繁殖的結(jié)果和取自其中某一代進(jìn)行雜交所出現(xiàn)的現(xiàn)象。1910年,湯瑪斯·亨特·摩爾根開始在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)培育果蠅并對它進(jìn)行系統(tǒng)的研究。之后,很多遺傳學(xué)家就開始用果蠅作研究,并且取得了很多遺傳學(xué)方面的知識(shí),包括這種蠅類基因組里的基因在染色體上的分布。截至2017年,已有8項(xiàng)諾貝爾獎(jiǎng)是與果蠅的研究相關(guān)。 FlyBase是一個(gè)在線生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫,主要存儲(chǔ)的是昆蟲家族果蠅科的遺傳和分子數(shù)據(jù)的。FlyBase包含完整黑腹果蠅基因組信息,而且每年會(huì)根據(jù)最新研究更新幾次。另外,該數(shù)據(jù)庫還可以搜索上個(gè)世紀(jì)果蠅遺傳學(xué)研究的參考書目。根據(jù)參與科學(xué)家可以搜索當(dāng)前研究人員的信息以及當(dāng)前研究人員之間關(guān)系圖。此外,該網(wǎng)站還提供了一個(gè)大型圖像數(shù)據(jù)庫,展示了全基因組和一些詳細(xì)介紹胚胎發(fā)生的視頻。 網(wǎng)址:https://rgd.mcw.edu/ 大鼠(Rat;Rattusnorvegicus)是鼠科多種嚙齒動(dòng)物的統(tǒng)稱,常指本科多種不相關(guān)物種,其中褐鼠是最常見的大鼠之一。習(xí)性與小鼠類似,但在激怒、襲擊抓捕時(shí)易咬手,尤其是哺乳期的母鼠更兇險(xiǎn),常會(huì)主動(dòng)咬工作人員喂飼時(shí)伸入鼠籠的手。大鼠對實(shí)驗(yàn)條件反應(yīng)較為近似,被譽(yù)為精密的生物研究工具,被廣泛用于內(nèi)分泌、藥物、行為學(xué)、老年病學(xué)、腫瘤、感染性疾病、心血管疾病及中醫(yī)藥等方面的研究,并具有多個(gè)品種、品系,可供不同實(shí)驗(yàn)選用。 大鼠基因組數(shù)據(jù)庫(RGD)成立于1999年,是大鼠基因組學(xué)、遺傳學(xué)、生理學(xué)表型、疾病和功能數(shù)據(jù)的首選,沒有之一。而且,這個(gè)數(shù)據(jù)庫有個(gè)很貼心的地方,里面包含了大鼠、人和小鼠基因組學(xué)對比數(shù)據(jù),為廣大科學(xué)研究者提供了跨物種數(shù)據(jù)比較。另外,大鼠基因組數(shù)據(jù)庫RGD具有強(qiáng)大的在線分析和可視化功能。 非洲爪蟾(African clawedfrog),又稱爪蛙,是一種原產(chǎn)于撒哈拉以南非的水生青蛙,是一種重要的模式生物。目前已發(fā)現(xiàn)20余種,其中,非洲爪蟾和熱帶爪蟾是研究最熱的兩個(gè)種屬。它們是脊椎動(dòng)物胚胎學(xué)和發(fā)育、基礎(chǔ)細(xì)胞和分子生物學(xué)、基因組學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)和毒理學(xué)以及模擬人類疾病的重要研究對象。
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